此環節將靶點選擇、DNA 模板建構、mRNA 序列最佳化與腫瘤定序資料轉成可自動執行的製造指令，是個人化 mRNA 藥物壓縮交期的起點。Maravai 以 mRNABuilder、CleanCap 與 ModTail 串接設計到 GMP 耗材，受惠高；Twist 的高通量 DNA 合成可供應客製化模板，亦屬受惠高。Illumina 的 WES 與 RNA-Seq 是新抗原篩選基礎，但 mRNA 僅為其龐大定序應用之一，受惠中等。應追蹤新客戶數、研究級客戶轉入 GMP 的比率、個人化專案交付時間；研發預算緊縮或候選藥物失敗，將使早期設計訂單波動加大。
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美股 MRVIMaravai LifeSciences Holdings Inc受惠高
- 1. TriLink 透過收購 Officinae 導入 AI／機器學習設計平台，並以 mRNABuilder 協助客戶上傳 DNA 構築、產生最佳化 RNA，直接把序列設計、下單與合成串成數位工作流。
- 2. TriLink 的 Discovery mRNA 業務 2026 年第二季年增 17%，單季新增 67 家客戶；早期研究訂單可沿著相同平台轉入臨床級 CleanCap、酵素與 ModTail，形成由設計到 GMP 耗材的升級路徑。
- 3. 公司提供 CleanCap 加帽、ModTail poly(A) 尾修飾、GMP 酵素及 mRNA 製造服務，並於 2026 年啟用 GMP 酵素廠；GMP 耗材第二季年增 55%，強化一站式供應與自動化製造擴張的營收槓桿。
- 4. 受惠仍取決於客戶研發預算與候選藥物進展；公司 2026 年指引為營收 2.05 億至 2.15 億美元，且大型 GMP 與 CDMO 訂單時點波動，需追蹤新客戶轉 GMP 的持續性。
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美股 TWSTTwist Bioscience Corporation受惠高
- 1. Twist 以矽晶片高通量合成 DNA，單晶片可寫入逾 100 萬條寡核苷酸，搭配軟體與自動化流程，能快速供應 mRNA 體外轉錄所需的客製化 DNA 模板。
- 2. 2026 財年第三季 DNA 合成與蛋白質解決方案營收年增 39% 至 5,660 萬美元，治療學營收年增 49% 至 4,040 萬美元；AI 藥物探索放量，有利設計—建構—測試流程導入 mRNA 工作流。
- 3. 公司三年內製造成本下降 60%、交期改善 73%，寡核苷酸產能提升 4 倍；此自動化與規模化能力可支援個人化 mRNA 專案 4–6 週交付，但目前仍缺乏 mRNA 專屬營收揭露。
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美股 ILMNIllumina Inc受惠中
- 1. Illumina 的高通量 NGS 平台可支援腫瘤 WES、RNA-Seq 與 HLA 分析，為個人化新抗原 mRNA 設計提供上游資料；但公司未披露 mRNA 專屬營收，屬間接受惠。
- 2. 個人化 mRNA 腫瘤疫苗若擴大應用，每位患者需先比對腫瘤與正常組織以篩選新抗原，將增加定序深度與耗材使用；Illumina 臨床定序耗材在中國以外成長 20%，具需求承接基礎。
- 3. NovaSeq X、Connected Multiomics 與 BioInsight 將定序、單細胞、CRISPR、雲端分析及 AI 串成數位工作流，並已與 AstraZeneca、Merck、Eli Lilly 合作，有助藥廠加速靶點驗證與候選設計。
- 4. 受惠仍受限於 mRNA 僅占 Illumina 龐大定序應用的一部分；研究市場資金緊縮、定序價格壓力及中國業務受出口限制，可能使概念訂單與耗材成長低於產業題材預期。